Lombada, добрый день.
Цитата: Чем грозит организации, если есть письменное заявление сотрудника с просьбой выплатить отпускные 12 сентября?
Тем же, как если бы этого заявления не было:
материальная ответственность по ст.236 ТК РФ
Цитата: При нарушении работодателем установленного срока соответственно выплаты заработной платы, оплаты отпуска, выплат при увольнении и (или) других выплат, причитающихся работнику, работодатель обязан выплатить их с уплатой процентов (денежной компенсации) в размере не ниже одной трехсотой действующей в это время ставки рефинансирования Центрального банка Российской Федерации от невыплаченных в срок сумм за каждый день задержки начиная со следующего дня после установленного срока выплаты по день фактического расчета включительно. Размер выплачиваемой работнику денежной компенсации может быть повышен коллективным договором, локальным нормативным актом или трудовым договором. Обязанность выплаты указанной денежной компенсации возникает независимо от наличия вины работодателя.
административная ответственность по ст. 5.27 КоАП
Цитата: 1. Нарушение трудового законодательства и иных нормативных правовых актов, содержащих нормы трудового права, если иное не предусмотрено частями 2 и 3 настоящей статьи и статьей 5.27.1 настоящего Кодекса, -влечет предупреждение или наложение административного штрафа на должностных лиц в размере от одной тысячи до пяти тысяч рублей; на лиц, осуществляющих предпринимательскую деятельность без образования юридического лица, - от одной тысячи до пяти тысяч рублей; на юридических лиц - от тридцати тысяч до пятидесяти тысяч рублей.
вплоть до уголовной.
Потому что никаких исключений ТК РФ не содержит:
Цитата: Оплата отпуска производится не позднее чем за три дня до его начала.
Цитата: Должны отпускные выплатить не позднее 07 сентября
Вообще-то не позднее 09 сентября - не позднее чем за три календарных дня. Ещё не поздно.