Здравствуйте.
Цитата: Конечно, у вас возникает обязанность по исчислению и уплате и НДФЛ и страховых взносов!
Не факт.
Цитата: В ТД прописано что исключительные права будут принадлежать компании.
А зачем тогда
Цитата: с автором подписывается ГП договор об отчуждении исключительного права
Чтобы "отчуждить" исключительное право, которое по факту у работника отсутствует?
Цитата: Тк гражданско-правовой договор подписан в рамках трудовых отношений,
Гражданско-правовой договор не может быть "подписан в рамках трудовых отношений".
На самом деле, в рамках трудовых отношений сотрудники создают интелектуальную собственность и если бы ещё "на берегу" (при заключении трудового договора") они не от неё не отказаались, с ними можно было заключить гражданско-правовые договора об отчуждении исключительного права на неё.
Цитата: с автором подписывается ГП договор об отчуждении исключительного права и начисляется авторское вознаграждение.
Авторское вознаграждение выплачивается по договору авторского заказа. К договору об отчуждении исключительного права он не имеет ни какого отношения.
Цитата: сумма вознаграждения облагается всеми взносами, так же как и заработная плата?
Сумма вознаграждения по любому ДГПХ в любом случае облагается не всеми взносами.
Взносами в ФСС на обязательное социальное страхование на случай временной нетрудоспособности и в связи с материнством она не облагаентся ни при каких обстоятельствах (п.2 ч.3 ст. 9 212-ФЗ). А взносами в ФСС от НС и ПЗ - только в случае, если это предусмотрено в договоре (ст. 20.1 125-ФЗ).
Облагается ли сумма вознаграждения взносами в ПФР и ФФОМС в Вашем случае - сказать сложно. Ответ на вопрос будет зависеть от того, какие же, всё-таки, гражданско-правовые договора Вы заключаете с сотрудниками и какой именно интеллектуальный продукт они производят.
А найти этот ответ Вы сможете в прикреплённой статье.